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💿🐜 Antkeeper source code https://antkeeper.com
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source/src/genetics/matrix.hpp

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/*
* Copyright (C) 2021 Christopher J. Howard
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*/
#ifndef ANTKEEPER_GENETICS_MATRIX_HPP
#define ANTKEEPER_GENETICS_MATRIX_HPP
namespace genetics {
/// Substitution matrix constants.
namespace matrix {
/**
* BLOSUM62 substitution matrix.
*
* @see ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices/
*/
template <class T>
constexpr T blosum62[27][27] =
{
// A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z *
{ 4, -2, 0, -2, -1, -2, 0, -2, -1, 0, -1, -1, -1, -2, 0, -1, -1, -1, 1, 0, 0, 0, -3, 0, -2, -1, -4 }, // A
{ -2, 4, -3, 4, 1, -3, -1, 0, -3, 0, 0, -4, -3, 3, 0, -2, 0, -1, 0, -1, 0, -3, -4, -1, -3, 1, -4 }, // B
{ 0, -3, 9, -3, -4, -2, -3, -3, -1, 0, -3, -1, -1, -3, 0, -3, -3, -3, -1, -1, 0, -1, -2, -2, -2, -3, -4 }, // C
{ -2, 4, -3, 6, 2, -3, -1, -1, -3, 0, -1, -4, -3, 1, 0, -1, 0, -2, 0, -1, 0, -3, -4, -1, -3, 1, -4 }, // D
{ -1, 1, -4, 2, 5, -3, -2, 0, -3, 0, 1, -3, -2, 0, 0, -1, 2, 0, 0, -1, 0, -2, -3, -1, -2, 4, -4 }, // E
{ -2, -3, -2, -3, -3, 6, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 0, -3, 0, -4, -3, -3, -2, -2, 0, -1, 1, -1, 3, -3, -4 }, // F
{ 0, -1, -3, -1, -2, -3, 6, -2, -4, 0, -2, -4, -3, 0, 0, -2, -2, -2, 0, -2, 0, -3, -2, -1, -3, -2, -4 }, // G
{ -2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 8, -3, 0, -1, -3, -2, 1, 0, -2, 0, 0, -1, -2, 0, -3, -2, -1, 2, 0, -4 }, // H
{ -1, -3, -1, -3, -3, 0, -4, -3, 4, 0, -3, 2, 1, -3, 0, -3, -3, -3, -2, -1, 0, 3, -3, -1, -1, -3, -4 }, // I
{ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 }, // J
{ -1, 0, -3, -1, 1, -3, -2, -1, -3, 0, 5, -2, -1, 0, 0, -1, 1, 2, 0, -1, 0, -2, -3, -1, -2, 1, -4 }, // K
{ -1, -4, -1, -4, -3, 0, -4, -3, 2, 0, -2, 4, 2, -3, 0, -3, -2, -2, -2, -1, 0, 1, -2, -1, -1, -3, -4 }, // L
{ -1, -3, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -1, 2, 5, -2, 0, -2, 0, -1, -1, -1, 0, 1, -1, -1, -1, -1, -4 }, // M
{ -2, 3, -3, 1, 0, -3, 0, 1, -3, 0, 0, -3, -2, 6, 0, -2, 0, 0, 1, 0, 0, -3, -4, -1, -2, 0, -4 }, // N
{ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 }, // O
{ -1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, 0, -1, -3, -2, -2, 0, 7, -1, -2, -1, -1, 0, -2, -4, -2, -3, -1, -4 }, // P
{ -1, 0, -3, 0, 2, -3, -2, 0, -3, 0, 1, -2, 0, 0, 0, -1, 5, 1, 0, -1, 0, -2, -2, -1, -1, 3, -4 }, // Q
{ -1, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 0, -3, 0, 2, -2, -1, 0, 0, -2, 1, 5, -1, -1, 0, -3, -3, -1, -2, 0, -4 }, // R
{ 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, 0, 0, -2, -1, 1, 0, -1, 0, -1, 4, 1, 0, -2, -3, 0, -2, 0, -4 }, // S
{ 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -1, 1, 5, 0, 0, -2, 0, -2, -1, -4 }, // T
{ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 }, // U
{ 0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3, 3, 0, -2, 1, 1, -3, 0, -2, -2, -3, -2, 0, 0, 4, -3, -1, -1, -2, -4 }, // V
{ -3, -4, -2, -4, -3, 1, -2, -2, -3, 0, -3, -2, -1, -4, 0, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -3, 11, -2, 2, -3, -4 }, // W
{ 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, 0, -2, -1, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -4 }, // X
{ -2, -3, -2, -3, -2, 3, -3, 2, -1, 0, -2, -1, -1, -2, 0, -3, -1, -2, -2, -2, 0, -1, 2, -1, 7, -2, -4 }, // Y
{ -1, 1, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 0, -1, 3, 0, 0, -1, 0, -2, -3, -1, -2, 4, -4 }, // Z
{ -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 0, -4, -4, -4, -4, 0, -4, -4, -4, -4, -4, 0, -4, -4, -4, -4, -4, 1 } // *
};
/**
* BLOSUM80 substitution matrix.
*
* @see ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices/
*/
template <class T>
constexpr T blosum80[27][27] =
{
// A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z *
{ 7, -3, -1, -3, -2, -4, 0, -3, -3, 0, -1, -3, -2, -3, 0, -1, -2, -3, 2, 0, 0, -1, -5, -1, -4, -2, -8 }, // A
{ -3, 6, -6, 6, 1, -6, -2, -1, -6, 0, -1, -7, -5, 5, 0, -4, -1, -2, 0, -1, 0, -6, -8, -3, -5, 0, -8 }, // B
{ -1, -6, 13, -7, -7, -4, -6, -7, -2, 0, -6, -3, -3, -5, 0, -6, -5, -6, -2, -2, 0, -2, -5, -4, -5, -7, -8 }, // C
{ -3, 6, -7, 10, 2, -6, -3, -2, -7, 0, -2, -7, -6, 2, 0, -3, -1, -3, -1, -2, 0, -6, -8, -3, -6, 1, -8 }, // D
{ -2, 1, -7, 2, 8, -6, -4, 0, -6, 0, 1, -6, -4, -1, 0, -2, 3, -1, -1, -2, 0, -4, -6, -2, -5, 6, -8 }, // E
{ -4, -6, -4, -6, -6, 10, -6, -2, -1, 0, -5, 0, 0, -6, 0, -6, -5, -5, -4, -4, 0, -2, 0, -3, 4, -6, -8 }, // F
{ 0, -2, -6, -3, -4, -6, 9, -4, -7, 0, -3, -7, -5, -1, 0, -5, -4, -4, -1, -3, 0, -6, -6, -3, -6, -4, -8 }, // G
{ -3, -1, -7, -2, 0, -2, -4, 12, -6, 0, -1, -5, -4, 1, 0, -4, 1, 0, -2, -3, 0, -5, -4, -2, 3, 0, -8 }, // H
{ -3, -6, -2, -7, -6, -1, -7, -6, 7, 0, -5, 2, 2, -6, 0, -5, -5, -5, -4, -2, 0, 4, -5, -2, -3, -6, -8 }, // I
{ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 }, // J
{ -1, -1, -6, -2, 1, -5, -3, -1, -5, 0, 8, -4, -3, 0, 0, -2, 2, 3, -1, -1, 0, -4, -6, -2, -4, 1, -8 }, // K
{ -3, -7, -3, -7, -6, 0, -7, -5, 2, 0, -4, 6, 3, -6, 0, -5, -4, -4, -4, -3, 0, 1, -4, -2, -2, -5, -8 }, // L
{ -2, -5, -3, -6, -4, 0, -5, -4, 2, 0, -3, 3, 9, -4, 0, -4, -1, -3, -3, -1, 0, 1, -3, -2, -3, -3, -8 }, // M
{ -3, 5, -5, 2, -1, -6, -1, 1, -6, 0, 0, -6, -4, 9, 0, -4, 0, -1, 1, 0, 0, -5, -7, -2, -4, -1, -8 }, // N
{ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 }, // O
{ -1, -4, -6, -3, -2, -6, -5, -4, -5, 0, -2, -5, -4, -4, 0, 12, -3, -3, -2, -3, 0, -4, -7, -3, -6, -2, -8 }, // P
{ -2, -1, -5, -1, 3, -5, -4, 1, -5, 0, 2, -4, -1, 0, 0, -3, 9, 1, -1, -1, 0, -4, -4, -2, -3, 5, -8 }, // Q
{ -3, -2, -6, -3, -1, -5, -4, 0, -5, 0, 3, -4, -3, -1, 0, -3, 1, 9, -2, -2, 0, -4, -5, -2, -4, 0, -8 }, // R
{ 2, 0, -2, -1, -1, -4, -1, -2, -4, 0, -1, -4, -3, 1, 0, -2, -1, -2, 7, 2, 0, -3, -6, -1, -3, -1, -8 }, // S
{ 0, -1, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -2, 0, -1, -3, -1, 0, 0, -3, -1, -2, 2, 8, 0, 0, -5, -1, -3, -2, -8 }, // T
{ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 }, // U
{ -1, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -5, 4, 0, -4, 1, 1, -5, 0, -4, -4, -4, -3, 0, 0, 7, -5, -2, -3, -4, -8 }, // V
{ -5, -8, -5, -8, -6, 0, -6, -4, -5, 0, -6, -4, -3, -7, 0, -7, -4, -5, -6, -5, 0, -5, 16, -5, 3, -5, -8 }, // W
{ -1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, 0, -2, -2, -2, -2, 0, -3, -2, -2, -1, -1, 0, -2, -5, -2, -3, -1, -8 }, // X
{ -4, -5, -5, -6, -5, 4, -6, 3, -3, 0, -4, -2, -3, -4, 0, -6, -3, -4, -3, -3, 0, -3, 3, -3, 11, -4, -8 }, // Y
{ -2, 0, -7, 1, 6, -6, -4, 0, -6, 0, 1, -5, -3, -1, 0, -2, 5, 0, -1, -2, 0, -4, -5, -1, -4, 6, -8 }, // Z
{ -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, 1 } // *
};
} // namspace matrix
} // namespace genetics
#endif // ANTKEEPER_GENETICS_MATRIX_HPP