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- /*
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- */
-
- #ifndef ANTKEEPER_GENETICS_MATRIX_HPP
- #define ANTKEEPER_GENETICS_MATRIX_HPP
-
- namespace genetics {
-
- /// Substitution matrix constants.
- namespace matrix {
-
- /**
- * BLOSUM62 substitution matrix.
- *
- * @see ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices/
- */
- template <class T>
- constexpr T blosum62[27][27] =
- {
- // A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z *
- { 4, -2, 0, -2, -1, -2, 0, -2, -1, 0, -1, -1, -1, -2, 0, -1, -1, -1, 1, 0, 0, 0, -3, 0, -2, -1, -4 }, // A
- { -2, 4, -3, 4, 1, -3, -1, 0, -3, 0, 0, -4, -3, 3, 0, -2, 0, -1, 0, -1, 0, -3, -4, -1, -3, 1, -4 }, // B
- { 0, -3, 9, -3, -4, -2, -3, -3, -1, 0, -3, -1, -1, -3, 0, -3, -3, -3, -1, -1, 0, -1, -2, -2, -2, -3, -4 }, // C
- { -2, 4, -3, 6, 2, -3, -1, -1, -3, 0, -1, -4, -3, 1, 0, -1, 0, -2, 0, -1, 0, -3, -4, -1, -3, 1, -4 }, // D
- { -1, 1, -4, 2, 5, -3, -2, 0, -3, 0, 1, -3, -2, 0, 0, -1, 2, 0, 0, -1, 0, -2, -3, -1, -2, 4, -4 }, // E
- { -2, -3, -2, -3, -3, 6, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 0, -3, 0, -4, -3, -3, -2, -2, 0, -1, 1, -1, 3, -3, -4 }, // F
- { 0, -1, -3, -1, -2, -3, 6, -2, -4, 0, -2, -4, -3, 0, 0, -2, -2, -2, 0, -2, 0, -3, -2, -1, -3, -2, -4 }, // G
- { -2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 8, -3, 0, -1, -3, -2, 1, 0, -2, 0, 0, -1, -2, 0, -3, -2, -1, 2, 0, -4 }, // H
- { -1, -3, -1, -3, -3, 0, -4, -3, 4, 0, -3, 2, 1, -3, 0, -3, -3, -3, -2, -1, 0, 3, -3, -1, -1, -3, -4 }, // I
- { 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 }, // J
- { -1, 0, -3, -1, 1, -3, -2, -1, -3, 0, 5, -2, -1, 0, 0, -1, 1, 2, 0, -1, 0, -2, -3, -1, -2, 1, -4 }, // K
- { -1, -4, -1, -4, -3, 0, -4, -3, 2, 0, -2, 4, 2, -3, 0, -3, -2, -2, -2, -1, 0, 1, -2, -1, -1, -3, -4 }, // L
- { -1, -3, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -1, 2, 5, -2, 0, -2, 0, -1, -1, -1, 0, 1, -1, -1, -1, -1, -4 }, // M
- { -2, 3, -3, 1, 0, -3, 0, 1, -3, 0, 0, -3, -2, 6, 0, -2, 0, 0, 1, 0, 0, -3, -4, -1, -2, 0, -4 }, // N
- { 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 }, // O
- { -1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, 0, -1, -3, -2, -2, 0, 7, -1, -2, -1, -1, 0, -2, -4, -2, -3, -1, -4 }, // P
- { -1, 0, -3, 0, 2, -3, -2, 0, -3, 0, 1, -2, 0, 0, 0, -1, 5, 1, 0, -1, 0, -2, -2, -1, -1, 3, -4 }, // Q
- { -1, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 0, -3, 0, 2, -2, -1, 0, 0, -2, 1, 5, -1, -1, 0, -3, -3, -1, -2, 0, -4 }, // R
- { 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, 0, 0, -2, -1, 1, 0, -1, 0, -1, 4, 1, 0, -2, -3, 0, -2, 0, -4 }, // S
- { 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -1, 1, 5, 0, 0, -2, 0, -2, -1, -4 }, // T
- { 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 }, // U
- { 0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3, 3, 0, -2, 1, 1, -3, 0, -2, -2, -3, -2, 0, 0, 4, -3, -1, -1, -2, -4 }, // V
- { -3, -4, -2, -4, -3, 1, -2, -2, -3, 0, -3, -2, -1, -4, 0, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -3, 11, -2, 2, -3, -4 }, // W
- { 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, 0, -2, -1, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -1, -1, -1, -4 }, // X
- { -2, -3, -2, -3, -2, 3, -3, 2, -1, 0, -2, -1, -1, -2, 0, -3, -1, -2, -2, -2, 0, -1, 2, -1, 7, -2, -4 }, // Y
- { -1, 1, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 0, -1, 3, 0, 0, -1, 0, -2, -3, -1, -2, 4, -4 }, // Z
- { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 0, -4, -4, -4, -4, 0, -4, -4, -4, -4, -4, 0, -4, -4, -4, -4, -4, 1 } // *
- };
-
- /**
- * BLOSUM80 substitution matrix.
- *
- * @see ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices/
- */
- template <class T>
- constexpr T blosum80[27][27] =
- {
- // A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z *
- { 7, -3, -1, -3, -2, -4, 0, -3, -3, 0, -1, -3, -2, -3, 0, -1, -2, -3, 2, 0, 0, -1, -5, -1, -4, -2, -8 }, // A
- { -3, 6, -6, 6, 1, -6, -2, -1, -6, 0, -1, -7, -5, 5, 0, -4, -1, -2, 0, -1, 0, -6, -8, -3, -5, 0, -8 }, // B
- { -1, -6, 13, -7, -7, -4, -6, -7, -2, 0, -6, -3, -3, -5, 0, -6, -5, -6, -2, -2, 0, -2, -5, -4, -5, -7, -8 }, // C
- { -3, 6, -7, 10, 2, -6, -3, -2, -7, 0, -2, -7, -6, 2, 0, -3, -1, -3, -1, -2, 0, -6, -8, -3, -6, 1, -8 }, // D
- { -2, 1, -7, 2, 8, -6, -4, 0, -6, 0, 1, -6, -4, -1, 0, -2, 3, -1, -1, -2, 0, -4, -6, -2, -5, 6, -8 }, // E
- { -4, -6, -4, -6, -6, 10, -6, -2, -1, 0, -5, 0, 0, -6, 0, -6, -5, -5, -4, -4, 0, -2, 0, -3, 4, -6, -8 }, // F
- { 0, -2, -6, -3, -4, -6, 9, -4, -7, 0, -3, -7, -5, -1, 0, -5, -4, -4, -1, -3, 0, -6, -6, -3, -6, -4, -8 }, // G
- { -3, -1, -7, -2, 0, -2, -4, 12, -6, 0, -1, -5, -4, 1, 0, -4, 1, 0, -2, -3, 0, -5, -4, -2, 3, 0, -8 }, // H
- { -3, -6, -2, -7, -6, -1, -7, -6, 7, 0, -5, 2, 2, -6, 0, -5, -5, -5, -4, -2, 0, 4, -5, -2, -3, -6, -8 }, // I
- { 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 }, // J
- { -1, -1, -6, -2, 1, -5, -3, -1, -5, 0, 8, -4, -3, 0, 0, -2, 2, 3, -1, -1, 0, -4, -6, -2, -4, 1, -8 }, // K
- { -3, -7, -3, -7, -6, 0, -7, -5, 2, 0, -4, 6, 3, -6, 0, -5, -4, -4, -4, -3, 0, 1, -4, -2, -2, -5, -8 }, // L
- { -2, -5, -3, -6, -4, 0, -5, -4, 2, 0, -3, 3, 9, -4, 0, -4, -1, -3, -3, -1, 0, 1, -3, -2, -3, -3, -8 }, // M
- { -3, 5, -5, 2, -1, -6, -1, 1, -6, 0, 0, -6, -4, 9, 0, -4, 0, -1, 1, 0, 0, -5, -7, -2, -4, -1, -8 }, // N
- { 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 }, // O
- { -1, -4, -6, -3, -2, -6, -5, -4, -5, 0, -2, -5, -4, -4, 0, 12, -3, -3, -2, -3, 0, -4, -7, -3, -6, -2, -8 }, // P
- { -2, -1, -5, -1, 3, -5, -4, 1, -5, 0, 2, -4, -1, 0, 0, -3, 9, 1, -1, -1, 0, -4, -4, -2, -3, 5, -8 }, // Q
- { -3, -2, -6, -3, -1, -5, -4, 0, -5, 0, 3, -4, -3, -1, 0, -3, 1, 9, -2, -2, 0, -4, -5, -2, -4, 0, -8 }, // R
- { 2, 0, -2, -1, -1, -4, -1, -2, -4, 0, -1, -4, -3, 1, 0, -2, -1, -2, 7, 2, 0, -3, -6, -1, -3, -1, -8 }, // S
- { 0, -1, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -2, 0, -1, -3, -1, 0, 0, -3, -1, -2, 2, 8, 0, 0, -5, -1, -3, -2, -8 }, // T
- { 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 }, // U
- { -1, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -5, 4, 0, -4, 1, 1, -5, 0, -4, -4, -4, -3, 0, 0, 7, -5, -2, -3, -4, -8 }, // V
- { -5, -8, -5, -8, -6, 0, -6, -4, -5, 0, -6, -4, -3, -7, 0, -7, -4, -5, -6, -5, 0, -5, 16, -5, 3, -5, -8 }, // W
- { -1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, 0, -2, -2, -2, -2, 0, -3, -2, -2, -1, -1, 0, -2, -5, -2, -3, -1, -8 }, // X
- { -4, -5, -5, -6, -5, 4, -6, 3, -3, 0, -4, -2, -3, -4, 0, -6, -3, -4, -3, -3, 0, -3, 3, -3, 11, -4, -8 }, // Y
- { -2, 0, -7, 1, 6, -6, -4, 0, -6, 0, 1, -5, -3, -1, 0, -2, 5, 0, -1, -2, 0, -4, -5, -1, -4, 6, -8 }, // Z
- { -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, 0, -8, -8, -8, -8, -8, 1 } // *
- };
-
- } // namspace matrix
- } // namespace genetics
-
- #endif // ANTKEEPER_GENETICS_MATRIX_HPP
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